По святому календарю Лилит наступил 2000 год. Главнокомандующий Генда Икари занимается производством новых машин, по мощи сравнимой с ангелами. Жители поселка Гайя недовольны повышением уровня моря, поэтому просят материальную компенсацию. Молодая Рицуко присоединяется к проекту Евангелиона и занимается разработкой машин с научной точки зрения. Под основу роботов берут новоприбывшие образцы древних ангелов, потомков Лилит. Из дневников Рицуко: